"Quand deux personnes qui s’aiment se retrouvent à Tôdai, elles sont heureuses pour toujours !"

"Alors on ira à Tôdai ensemble quand on sera grands, d’accord ?"
"Promis ! On se reverra à Tôdai !"

L’histoire commence par une émouvante promesse, échangée entre deux enfants amoureux. Alors que, dans l’insouciance propre à la jeunesse, ils envisageaient de grandir ensemble, la petite fille allait involontairement briser ce pacte en suivant ses parents dans un déménagement qui l’emmena bien loin de ses rêves. Cependant, avant de se quitter, ils se firent le serment qu’un jour, ils se retrouveraient à Tôdai (Tokyo Daigaku), l'université la plus prestigieuse du Japon.

Love Hina a pour héros Keitarô Urashima, un garçon de 19 ans SFF (sans fac fixe). 15 ans ont passé depuis qu’il a fait la promesse à sa petite amie, et il projette toujours d’entrer à Tôdai, espérant la retrouver là-bas. Mais il a déjà raté deux fois le test d'inscription dans cette école et en plus il ne se souvient même plus du prénom de la tendre petite fille à laquelle il fit la plus solennelle des promesses d’enfant…

Comme ses parents pensent qu'il est maintenant trop âgé pour rester à la maison, n'ayant plus les moyens de lui payer ses études et son appartement, il doit partir seul pour trouver un travail. Heureusement, il est invité à la résidence de sa grand-mère (parti pour un voyage autour du monde) pour devenir le gérant de la pension Hinata Sô.

Keitaro s'installe alors dans sa nouvelle demeure. Mais très vite, il découvre que cette pension est devenue une pension pour filles uniquement. Par (mal)chance, les 5 occupantes (Naru, Shinobu, Mitsune, Motoko et Sû) sont toutes de superbes jeunes filles, aux caractères bien affirmés.

Toutes, sans exception, semblent prendre un malin plaisir à pourrir la vie du nouvel arrivant. Au fil du temps, il va se demander si chacune est celle qu'il recherche...

Parmi les filles, Naru Narusegawa, 17 ans, au caractère fort et exécrable, est inscrite dans un lycée local. Son ambition est également d’entrer à Tôdai ; Kitsune, qui ne s'intéresse qu'à l'argent et l'alcool ; Motoko, expert de kendo ; Shinobu, une petite fille timide et pleurnicharde qui sait cuisiner à merveille ; et Kaolla, l'étrangère mystérieuse qui invente divers gadgets mécaniques. L'une d'entre-elles est la fille des souvenirs de Keitaro dont il a fait la promesse il y a quinze ans ? En tout cas, Keitarô doit d'abord réussir à entrer à l'université Todaï.